Szarvasmarha eredetű Shiga toxikus és kommenzalista E. coli és bakteriofágok jellemzése

Hazai szarvasmarha-állományokból kívánunk mintákat venni és STEC, valamint egyéb E. coli törzseket izolálni. A törzseket részletesen jellemezzük mind feno-, mind genotípusosan, különöse hangsúllyal a mobilis genetikai elemekre, elsősorban a baktriofágokra. Összehasonlító genomikai vizsgálatokat is végzünk bevonva humán eredetű és adatbázisokban elérhető, a világ különböző pontjairól származó referenciatörzseket. 

Az Escherichia coli az emlősök normál bél-mikrobiótájának részét alkotó baktérium, ám számos kórokozó törzs is e fajba tartozik, melyek emberben és állatokban súlyos betegséget képesek okozni. Fontos jellemzőjük nagyfokú genetikai változatosságuk, mely részben a horizontális géntranszfer (HGT) jelenségének köszönhető. E mechanizmus segítségével számos kórokozó képességet befolyásoló, ún. virulencia, és túlélést segítő ún. fitness géneket képesek a különböző E. coli törzsek egymásnak átadni. Számos emberi E. coli fertőzés élelmiszer eredetű, és sok E. coli törzset az egészséges szarvasmarhák hordoznak, ezért e törzseket zoonotikus, állatról emberre terjedni képes törzseknek nevezzük. Jelen projektben mintákat kívánunk venni magyarországi szarvasmarha-állományokból, hogy potenciálisan kórokozó E. coli törzseket izoláljunk és azonosítsunk. Jellemezzük virulencia tulajdonságaikat, génállományukat és összehasonlítjuk őket emberi eredetű és a világ más részein izolált törzsekkel. A baktériumokat fertőző vírusok, az ún. bakteriofágok jelentős szerepet játszanak az E. coli esetében, mint a HGT jelentős tényezői és a baktériumok „ragadozóiként” is viselkednek. Emiatt az izolált E. coli törzsek genomjában esetlegesen beépült bakteriofágokat (ún. profágokat) és a szintén szarvasmarhából izolált, és e baktériumokat fertőzni képes bakteriofágokat is jellemezni kívánjuk. Eredményeink segítségével bővülnek ismereteink a kórokozó E. coli genetikai változatosságáról, a bakteriofágok vizsgálatával pedig potenciális antibakteriális célra alkalmazható ágenseket találhatunk, melyeket terápiás célokra, vagy pedig megelőző jelleggel élelmiszerbiztonsági célokra lehetnek alkalmasak.